Project information
Biofyzikální výzkum struktur a funkcí biomolekul
(BVSFB)
- Project Identification
- MUNI/A/1046/2009
- Project Period
- 1/2010 - 12/2012
- Investor / Pogramme / Project type
-
Masaryk University
- Grant Agency of Masaryk University
- Category A
- MU Faculty or unit
-
Faculty of Science
- doc. Mgr. Karel Kubíček, PhD.
- Bc. Michal Burián
- Mgr. Tomáš Hošek
- prof. Dr. Jiří Kozelka, PhD.
- doc. Mgr. Karel Kubíček, PhD.
- RNDr. Mgr. et Mgr. Arnošt Mládek, Ph.D.
- prof. RNDr. Jiří Šponer, DrSc.
- Mgr. Veronika Šubertová
Za účasti studentů bude rozvíjen výzkum v oblasti studia protinádorových léčiv a jejich interakcí s biomakromolekulami jako jsou MutS nebo tubulin pomocí technik jako jsou NMR, FRET, ATR FT IR, AFM a počítačového modelování.
V oblasti studia membrán a jejich interakcí s biomolekulami budou používány takové, převážně optické metody, techniky jako je elipsometrie, infračervená spektroskopie, Ramanův rozptyl a také AFM. Výzkum biomembrán bude soustředěn na vytvoření modelových systémů jedno- a více-vrstvých membrán (např. z fosfatidilcholinu) a zkoumání vlivu tloušťky membrány na vlastnosti jako je permeabilita, pružnost apod.
Výše uvedené příklady byly spíše experimentálního charakteru, v teoretické oblasti budou rozvíjeny metody a programy pro studium interakcí mezi proteinem a ligandem a jejich vhodnou evaluaci. V oblasti teoretického studia nukleových kyselin bude aplikována široká škála nejmodernějších počítačových technik od klasických molekulových simulací přes kvantově-chemické přístupy až po kombinované kvantově-klasické (hybridní) metody, vše doplněné přístupy bioinformatickými. Výzkum bude soustředěn na objasnění reakčních mechanismů ribozymů, studium dynamických funkčních center ribosomu, studium možných prebiotických chemických reakcí a vývoj metodik.
Studenti se na navrhovaných tématech podílí v rámci svých diplomových prací a témata se budou dále pravděpodobně vyvíjet v práce disertační. Témata jsou zaměřena na aktuální vědeckou problematiku a je tudíž logickým předpokladem, že výstupy tohoto výzkumu a těchto prací budou publikovány v zahraničních impaktovaných časopisech a budou prezentovány ve formě posterů na konferencích.
Publications
Total number of publications: 5
2012
-
Platinum-DNA interstrand crosslinks: Molecular determinants of bending and unwinding of the double helix.
Journal of Inorganic Biochemistry, year: 2012, volume: 108, edition: 1, DOI
2011
-
Using NMR spectroscopy for improvement of cisplatin-based drugs
Year: 2011, type: Conference abstract
2010
-
Dispersion-Driven Hydrogen Bonding: Predicted Hydrogen Bond between Water and Platinum(II) Identified by Neutron Diffraction
Angewandte Chemie International Edition, year: 2010, volume: 49, edition: 41
-
The Tubulin-Bound Structure of the Antimitotic Drug Tubulysin
Angewandte Chemie International Edition, year: 2010, volume: 49, edition: 28
-
Unusual Interstrand Pt(S,S-diaminocyclohexane)-GG Crosslink Formed by Rearrangement of a Classical Intrastrand Crosslink Within a DNA Duplex
Chemistry - An Asian Journal, year: 2010, volume: 5, edition: 2