RNDr. David Sehnal, Ph.D.

2024

• Analysis and Visualization of Protein Channels, Tunnels, and Pores with MOLEonline and ChannelsDB 2.0

  ŠPAČKOVÁ Anna BAZGIER Václav RAČEK Tomáš SEHNAL David SVOBODOVÁ Radka BERKA Karel

  Kapitola v knize

  Protein Bioinformatics, vydání: Vyd. 1, rok: 2024, počet stran: 15 s.

• Describing and Sharing Molecular Visualizations Using the MolViewSpec Toolkit

  BITTRICH Sebastian MIDLIK Adam VARADI Mihaly VELANKAR Sameer BURLEY Stephen K YOUNG Jasmine Y SEHNAL David VALLAT Brinda

  Článek v odborném periodiku

  Current Protocols, rok: 2024, ročník: 4, vydání: 7, DOI

• ChannelsDB 2.0: a comprehensive database of protein tunnels and pores in AlphaFold era

  ŠPAČKOVÁ Anna VÁVRA Ondřej RAČEK Tomáš BAZGIER Václav SEHNAL David DAMBORSKÝ Jiří SVOBODOVÁ Radka BEDNÁŘ David BERKA Karel

  Článek v odborném periodiku

  Nucleic Acids Research, rok: 2024, ročník: 52, vydání: D1, DOI

• Mesoscale explorer: Visual exploration of large-scale molecular models

  ROSE Alexander SEHNAL David GOODSELL David S AUTIN Ludovic

  Článek v odborném periodiku

  Protein Science, rok: 2024, ročník: 33, vydání: 10, DOI

• Visualizing Volumetric and Segmentation Data using Mol* Volumes & Segmentations 2.0

  CHARESHNEU Aliaksei CANTARA Alessio TICHY Dominik SEHNAL David

  Článek v odborném periodiku

  Current Protocols, rok: 2024, ročník: 4, vydání: 12, DOI

2023

• ChannelsDB 2.0: A Comprehensive Database of Protein Tunnels and Pores in AlphaFold Era

  ŠPAČKOVÁ Anna VÁVRA Ondřej RAČEK Tomáš BAZGIER Václav SEHNAL David DAMBORSKÝ Jiří SVOBODOVÁ Radka BERKA Karel

  Konferenční abstrakty

  Rok: 2023, druh: Konferenční abstrakty

• Mol* Volumes and Segmentations: visualization and interpretation of cell imaging data alongside macromolecular structure data and biological annotations

  CHARESHNEU Aliaksei MIDLIK Adam IONESCU Crina-Maria ROSE Alexander HORSKÝ Vladimír CANTARA Alessio SVOBODOVÁ Radka BERKA Karel SEHNAL David

  Článek v odborném periodiku

  Nucleic Acids Research, rok: 2023, ročník: 51, vydání: W1, DOI

• PDBImages: a command-line tool for automated macromolecular structure visualization

  MIDLIK Adam NAIR Sreenath ANYANGO Stephen DESHPANDE Mandar SEHNAL David VARADI Mihaly VELANKAR Sameer

  Článek v odborném periodiku

  Bioinformatics, rok: 2023, ročník: 39, vydání: 12, DOI

2022

• CoverView: clear atom-level visualization of electron density coverage of PDB structures to assist validation

  CHARESHNEU Aliaksei SEHNAL David SVOBODOVÁ Radka

  Software

  Rok: 2022

• PDBe and PDBe-KB: Providing high-quality, up-to-date and integrated resources of macromolecular structures to support basic and applied research and education

  VARADI Mihaly ANYANGO Stephen APPASAMY Sri Devan ARMSTRONG David BAGE Marcus BERRISFORD John CHOUDHARY Preeti BERTONI Damian DESHPANDE Mandar LEINES Grisell Diaz ELLAWAY Joseph EVANS Genevieve GÁBOROVÁ Romana GUPTA Deepti GUTMANAS Aleksandras HARRUS Deborah KLEYWEGT Gerard J BUENO Weslley Morellato NADZIRIN Nurul NAIR Sreenath PRAVDA Lukas AFONSO Marcelo Querino Lima SEHNAL David TANWEER Ahsan TOLCHARD James ABRAMS Charlotte DUNLOP Roisin VELANKAR Sameer

  Článek v odborném periodiku

  Protein Science, rok: 2022, ročník: 31, vydání: 10, DOI