Informace o projektu
Studium molekulárních mechanismů adaptace bakterií na změny prostředí pomocí proteomických technik
- Kód projektu
- GP203/07/P471
- Období řešení
- 1/2007 - 12/2009
- Investor / Programový rámec / typ projektu
-
Grantová agentura ČR
- Postdoktorské projekty
- Fakulta / Pracoviště MU
- Přírodovědecká fakulta
- Klíčová slova
- proteomová analýza, bakteriální adaptace, molekulární mechanismy, Paracoccus denitrificans
Podstatou projektu je zejména posouzení vlivu tří známých regulačních proteinů na proteom bakterie Paracoccus denitrificans v procesech adaptace na změny vnějšího prostředí. Je známo, že tyto proteiny působí jako senzory pro kyslík a dusíkaté terminální akceptory elektronů. Po vytvoření databáze k identifikaci proteinů na základě nedávno zpřístupněné genomové sekvence bakterie bude provedena podrobná proteomová studie, srovnávající vliv mutací genů pro regulační proteiny na expresi ostatních proteinů v celobuněných lyzátech. Proteiny budou separovány dvourozměrnou gelovou elektroforézou a identifikovány hmotností spektrometrií. Proteiny se změnami v expresi budou dále podrobeny bioinformatické analýze, u vybraných proteinů budou doplněny funkční analýzy (stanovení enzymových aktivit a hladin mRNA). Ke komplementárnímu srovnáni proteinového složení membránových frakcí bude vybrána a testována nová metoda na bázi kapalinové chromatografie a hmotnostní spektrometrie. Vytvořená dtabáze přeloženého genomu bude rovněž využita k identifikaci proteinů z dřívějších studií. Získané výsledky budou po publikaci použity k doplnění veřejné proteomové 2-D databáze P.denitrificans (http://www.mpiib-berlin.mpg.de/2D-PAGE/).
Publikace
Počet publikací: 8
2011
-
Fe/Mn superoxide dismutase in Paracoccus denitrificans is induced by azide and expressed independently on FNR-type regulators
Folia Microbiologica, rok: 2011, ročník: 56, vydání: 1, DOI
2010
-
Unraveling an FNR based regulatory circuit in Paracoccus denitrificans using a proteomics-based approach
Biochimica et Biophysica Acta - Proteins and Proteomics, rok: 2010, ročník: 1804, vydání: 6, DOI
2009
-
Biomarker discovery in low-grade breast cancer using isobaric stable isotope tags and two-dimensional liquid chromatography-tandem mass spectrometry (iTRAQ-2DLC-MS/MS) based quantitative proteomic analysis
Journal of Proteome Research, rok: 2009, ročník: 8, vydání: 1, DOI
-
Quantitative proteomic analysis of lung carcinoma cell line transfected by mutant p53 gene sequences
Rok: 2009, druh: Konferenční abstrakty
-
The study on Fnr-type transcription regulators functions in bacterium Paracoccus denitrificans using proteomics, transcriptomics and bioinformatics tools
Rok: 2009, druh: Konferenční abstrakty
-
Unraveling a FNR-based regulatory circuit in bacterium Paracoccus denitrificans using proteomics, transcriptomic and bioinformatic approaches
Rok: 2009, druh: Konferenční abstrakty
2008
-
Biomarker discovery in low grade breast cancer using isobaric stable isotope tags and two-dimensional liquid chromatography-tandem mass spectrometry (iTRAQ-2DLC-MS/MS) based quantitative proteomic analysis
Rok: 2008, druh: Konferenční abstrakty
-
The study on the FnrP, NNR and NarR transcription regulator function in bacterium Paracoccus denitrificans at global proteome level
Rok: 2008, druh: Konferenční abstrakty