Informace o projektu
Evoluce substrátové specifity u enzymů aktivních s xenobiotickými látkami
- Kód projektu
- IAA401630901
- Období řešení
- 1/2009 - 12/2013
- Investor / Programový rámec / typ projektu
-
Akademie věd ČR
- Granty výrazně badatelského charakteru zaměřené na oblast výzkumu rozvíjeného v současné době zejména AV ČR
- Fakulta / Pracoviště MU
- Přírodovědecká fakulta
Hlavním cílem projektu je studium evoluce substrátové specifity mikrobiálních enzymů aktivních s xenobiotickými sloučeninami. Zvolený modelovým systém, halogenalkandehalogenasy, je vhodný k tomuto účelu vzhledem k aktivitě dehalogenas enzymů s biologicky špatně rozložitelnými sloučeninami, které se v biosféře nevyskytovaly před průmyslovou revolucí. Evoluce bude studována rekurzivně kvantitativním popisem substrátové specifity moderních halogenalkandehalogenas a srovnáním se specifitou předků těchto enzymů navržených fylogenetickou dedukcí a konstruovaných genovou syntézou. Konečným výsledkem této analýzy bude ohodnocení funkčního přesahu jednotlivých podrodin a podrobný popis molekulárních událostí vedoucích ke specializaci těchto enzumů umožňující účinný rozklad xenobiotických substrátů. Různé teoretické a experimentální přístupy budou použity k přípravě biologického materiálu a ke sběru dat nezbytných k testování alternativních evolučních hypotéz.
Publikace
Počet publikací: 67
2013
-
Sphingobium czechense sp nov., isolated from a hexachlorocyclohexane dump site
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, rok: 2013, ročník: 63, vydání: Part 2, DOI
-
The Effect of a Unique Halide-Stabilising Residue on the Catalytic Properties of Haloalkane Dehalogenase DatA from Agrobacterium tumefaciens C58
FEBS Journal, rok: 2013, ročník: 280, vydání: 13, DOI
2012
-
A Single Mutation in a Tunnel to the Active Site Changes the Mechanism and Kinetics of Product Release in Haloalkane Dehalogenase LinB
The Journal of Biological Chemistry, rok: 2012, ročník: 287, vydání: 34, DOI
-
Biochemical Characterization of a Novel Haloalkane Dehalogenase from a Cold-Adapted Bacterium
APPLIED AND ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY, rok: 2012, ročník: 78, vydání: 14, DOI
-
CAVER 3.0: A Tool for the Analysis of Transport Pathways in Dynamic Protein Structures
PLoS Computational Biology, rok: 2012, ročník: 8, vydání: 10, DOI
2011
-
Biodegradation of 1,2,3-Trichloropropane
Rok: 2011, druh: Vyžádané přednášky
-
Biochemical Characteristics of the Novel Haloalkane Dehalogenase DatA Isolated from the Plant Pathogen Agrobacterium tumefaciens C58.
Applied and Environmental Microbiology, rok: 2011, ročník: 77, vydání: 5, DOI
-
Biology and Bioinformatics
Rok: 2011, druh: Další prezentace na konferencích
-
CAVER 3.0: A Tool For Efficient Analysis Of Tunnels In Dynamic Protein Structures
Rok: 2011, druh: Další prezentace na konferencích
-
Computer-Assisted Enzyme Engineering by Modification of Tunnels, Channels and Gates.
Rok: 2011, druh: Další prezentace na konferencích