Informace o projektu
Evoluce substrátové specifity u enzymů aktivních s xenobiotickými látkami
- Kód projektu
- IAA401630901
- Období řešení
- 1/2009 - 12/2013
- Investor / Programový rámec / typ projektu
-
Akademie věd ČR
- Granty výrazně badatelského charakteru zaměřené na oblast výzkumu rozvíjeného v současné době zejména AV ČR
- Fakulta / Pracoviště MU
- Přírodovědecká fakulta
Hlavním cílem projektu je studium evoluce substrátové specifity mikrobiálních enzymů aktivních s xenobiotickými sloučeninami. Zvolený modelovým systém, halogenalkandehalogenasy, je vhodný k tomuto účelu vzhledem k aktivitě dehalogenas enzymů s biologicky špatně rozložitelnými sloučeninami, které se v biosféře nevyskytovaly před průmyslovou revolucí. Evoluce bude studována rekurzivně kvantitativním popisem substrátové specifity moderních halogenalkandehalogenas a srovnáním se specifitou předků těchto enzymů navržených fylogenetickou dedukcí a konstruovaných genovou syntézou. Konečným výsledkem této analýzy bude ohodnocení funkčního přesahu jednotlivých podrodin a podrobný popis molekulárních událostí vedoucích ke specializaci těchto enzumů umožňující účinný rozklad xenobiotických substrátů. Různé teoretické a experimentální přístupy budou použity k přípravě biologického materiálu a ke sběru dat nezbytných k testování alternativních evolučních hypotéz.
Publikace
Počet publikací: 67
2009
-
HotSpot Wizard: a Web Server for Identification of Hot Spots in Protein Engineering.
NUCLEIC ACIDS RESEARCH, rok: 2009, ročník: 2009, vydání: 37
-
Chiral Aliphatic Hydroxy Compounds in Nature: a Review of Biological Functions and Practical Applications.
Collection of Czechoslovak chemical communications, rok: 2009, ročník: 74, vydání: 7-8
-
Pathways and Mechanisms for Product Release in the Engineered Haloalkane Dehalogenases Explored using Classical and Random Acceleration Molecular Dynamics Simulations.
JOURNAL OF MOLECULAR BIOLOGY, rok: 2009, ročník: 2009, vydání: 00
-
Quantitative Analyses of Substrate Specifity of Haloalkane Dehalogenase
Rok: 2009, druh: Prezentace v oblasti VaV (AV tvorba, WEB aplikace apod.)
-
Redesigning Dehalogenase Access Tunnels as a Strategy for Degrading an Anthropogenic Substrate.
NATURE CHEMICAL BIOLOGY, rok: 2009, ročník: 0000, vydání: 5
-
Studium dynamiky molekul vody v ústí tunelu haloalkándehalogenáz
Rok: 2009, druh: Prezentace v oblasti VaV (AV tvorba, WEB aplikace apod.)
-
Study of water molecule dynamics at the tunnel openings of haloalkane dehalogenase
Rok: 2009, druh: Prezentace v oblasti VaV (AV tvorba, WEB aplikace apod.)