Informace o projektu
Analýza a vizualizace proteinových struktur
- Kód projektu
- GAP202/10/1435
- Období řešení
- 1/2010 - 12/2012
- Investor / Programový rámec / typ projektu
-
Grantová agentura ČR
- Standardní projekty
- Fakulta / Pracoviště MU
-
Fakulta informatiky
- prof. Ing. Jiří Sochor, CSc.
- RNDr. Petr Beneš, Ph.D.
- Mgr. Jan Brezovský, Ph.D.
- prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr.
- doc. RNDr. Barbora Kozlíková, Ph.D.
- RNDr. Antonín Pavelka, Ph.D.
- Mgr. Tibor Szabó
- Mgr. Eva Šebestová, Ph.D.
- Mgr. Vilém Šustr
- Mgr. Matúš Zamborský
- Klíčová slova
- vizualizace; virtuální reality; protein; molekulová dynamika
- Spolupracující organizace
-
Západočeská univerzita v Plzni
- Odpovědná osoba doc. Ing. Ivana Kolingerová, Dr.
V projektu budou vyvíjeny a testovány nové analytické metody pro bioechemický výzkum proteinů. U dynamických modelů proteinů budou zkoumány jejich geometrické vlastnosti s cílem nalezení a posouzení tunelů, které propojují aktivní místo uvnitř proteinu s jeho povrchem. Vlastnosti tunelů, jako je povrch, objem, délka apod. budou statisticky hodnoceny pro rozsáhlé soubory snímků získaných ze simulace dynamiky proteinů. Výsledky budou vizualizovány názorným způsobem, poskytujícím nové informace biochemikům. Metody se také zaměří na interakci malých molekul (ligantů) procházejících nadějným tunelem, v čase i prostoru. Metody budou začleněny do do nástroje CAVER (vyvinutého na MU), který je v současné době využíván biochemiky po celém světě. Projekt je pokračováním projektu GA201/07/0927 Vizualizace proteinových struktur, podporovaného v období 2007-2009.
Publikace
Počet publikací: 25
2012
-
CAVER 3.0: A Tool for the Analysis of Transport Pathways in Dynamic Protein Structures
PLoS Computational Biology, rok: 2012, ročník: 8, vydání: 10, DOI
-
Visibility driven BVH build up algorithm for ray tracing
Computers & Graphics, rok: 2012, ročník: 36, vydání: 4, DOI
2011
-
CAVER 3.0
Rok: 2011
-
CAVER 3.0: A Tool For Efficient Analysis Of Tunnels In Dynamic Protein Structures
Rok: 2011, druh: Další prezentace na konferencích
-
Computation and Visualization of Surface of Proteins and their Channels
The IADIS Computer Graphics, Visualization, Computer Vision and Image Processing (CGVCVIP) 2011, rok: 2011
-
Computation of Dynamic Channels in Proteins
Proceedings of Biotechno, rok: 2011
-
HOTSPOT WIZARD: WEB APPLICATION FOR PROTEIN ENGINEERING AND STRUCTURAL ANNOTATION
Rok: 2011, druh: Další prezentace na konferencích
-
In vitro protein and metabolic engineering of a biodegradation pathway
Rok: 2011, druh: Další prezentace na konferencích
-
Modular System for Haptic Interaction with Multi-contact Collision Detection
Proceedings of the 11th International Conference on Computational Science and Its Applications (ICCSA), rok: 2011
-
Paroxetine Metabolization and Cytochrome P450 2D6: Towards Predictive Models.
Rok: 2011, druh: Další prezentace na konferencích