Mgr. Kamila Réblová, Ph.D.

2010

• An RNA Molecular Switch: Intrinsic Flexibility of 23S rRNA Helices 40 and 68 5 '-UAA/5 '-GAN Internal Loops Studied by Molecular Dynamics Methods

  RÉBLOVÁ Kamila STŘELCOVÁ Zora KULHÁNEK Petr BEŠŠEOVÁ Ivana MATHEWS David H. VAN NOSTRAND Keith YILDIRIM Ilyas TURNER Douglas H. ŠPONER Jiří

  Článek v odborném periodiku

  Journal of Chemical Theory and Computation, rok: 2010, ročník: 2010, vydání: 6

• Dynamics of the base of ribosomal A-site finger revealed by molecular dynamics simulations and Cryo-EM.

  RÉBLOVÁ Kamila RÁZGA Filip LI Wen GAO Haixiao FRANK Joachim ŠPONER Jiří

  Článek v odborném periodiku

  Nucleic Acids Research, rok: 2010, ročník: 38, vydání: 4

• Molecular dynamics simulations suggest that RNA three-way junctions can act as flexible RNA structural elements in the ribosome

  BEŠŠEOVÁ Ivana REBLOVA Kamila NEOCLES Leontis SPONER Jiri

  Článek v odborném periodiku

  Nucleic Acids Research, rok: 2010, ročník: 38, vydání: 18

• Structural Dynamics of the Box C/D RNA Kink-Turn and Its Complex with Proteins: The Role of the A-Minor 0 Interaction, Long-Residency Water Bridges, and Structural Ion-Binding Sites Revealed by Molecular Simulations

  ŠPAČKOVÁ Naděžda RÉBLOVÁ Kamila SPONER Jiri

  Článek v odborném periodiku

  Jouranl of Physical Chemistry B, rok: 2010, ročník: 114, vydání: 32

2009

• Dependence of A-RNA simulations on the choice of the force field and salt strength

  BEŠŠEOVÁ Ivana OTYEPKA Michal RÉBLOVÁ Kamila ŠPONER Jiří

  Článek v odborném periodiku

  Physical Chemistry Chemical Physics, rok: 2009, ročník: 11, vydání: -

2008

• Conformational Transitions of Flanking Purines in HIV-1 RNA Dimerization Initiation Site Kissing Complexes Studied by Charmm Explicit Solvent Molecular Dynamics

  SARZYNSKA Joanna REBLOVA Kamila SPONER Jiri KULINSKI Tadeusz

  Článek v odborném periodiku

  Biopolymers, rok: 2008, ročník: 89, vydání: 9

2007

• Conformations of flanking bases in HIV-1 RNA DIS kissing complexes studied by Molecular Dynamics

  RÉBLOVÁ Kamila FADRNÁ Eva JOANNA Sarzynska KULINSKI Tadeusz KULHÁNEK Petr ENNIFAR Eric KOČA Jaroslav SPONER Jiri

  Článek v odborném periodiku

  Biophysical Journal, rok: 2007, ročník: 93, vydání: 11

• Ribosomal RNA motifs and segments have salient flexibilities

  ŠPONER Jiří MOKDAD Ali RÁZGA Filip RÉBLOVÁ Kamila ŠPAČKOVÁ Naděžda

  Článek ve sborníku

  Journal Of Biomolecular Structure and Dynamics, rok: 2007

• Study of structure, dynamics and local elasticity of 16S rRNA Helix 44 using molecular dynamics methods.

  RÉBLOVÁ Kamila LANKAS Filip SPONER Jiri

  Článek ve sborníku

  Journal Of Biomolecular Structure and Dynamics, rok: 2007

• Study of unusual RNA structures using molecular dynamics methods

  RÉBLOVÁ Kamila

  Článek ve sborníku

  Workshop on Modelling interactions in Biomolecules III, rok: 2007