prof. RNDr. Michal Otyepka, Ph.D.

2018

• ChannelsDB: database of biomacromolecular tunnels and pores

  PRAVDA Lukáš SEHNAL David SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ Radka NAVRÁTILOVÁ Veronika TOUŠEK Dominik BERKA Karel OTYEPKA Michal KOČA Jaroslav

  Článek v odborném periodiku

  Nucleic Acids Research, rok: 2018, ročník: 46, vydání: D1, DOI

• MOLEonline: a web-based tool for analyzing channels, tunnels and pores (2018 update)

  PRAVDA Lukáš SEHNAL David TOUŠEK Dominik NAVRÁTILOVÁ Veronika BAZGIER Václav BERKA Karel SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ Radka KOČA Jaroslav OTYEPKA Michal

  Článek v odborném periodiku

  Nucleic Acids Research, rok: 2018, ročník: 46, vydání: W1, DOI

2017

• Folding of guanine quadruplex molecules-funnel-like mechanism or kinetic partitioning? An overview from MD simulation studies.

  ŠPONER Jiří BUSSI Giovanni STADLBAUER Petr KUHROVA Petra BANÁŠ Pavel ISLAM Barira HAIDER Shozeb NEIDLE Stephen OTYEPKA Michal

  Článek v odborném periodiku

  Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - General Subjects, rok: 2017, ročník: 1861, vydání: 5, DOI

• How to understand atomistic molecular dynamics simulations of RNA and protein-RNA complexes?

  ŠPONER Jiří KREPL Miroslav BANÁŠ Pavel KUHROVA P ZGARBOVÁ Marie JUREČKA Petr HAVRILA Marek OTYEPKA Michal

  Článek v odborném periodiku

  Wiley Interdisciplinary Reviews: RNA, rok: 2017, ročník: 8, vydání: 3, DOI

2016

• Structural Bioinformatics Tools for Drug Design: Extraction of Biologically Relevant Information from Structural Databases

  KOČA Jaroslav SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ Radka PRAVDA Lukáš BERKA Karel GEIDL Stanislav SEHNAL David OTYEPKA Michal

  Odborná kniha

  Rok: 2016, vydání: Vyd. 1., počet stran: 144 s.

2015

• Anatomy of protein channels

  PRAVDA Lukáš BERKA Karel SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ Radka SEHNAL David IONESCU Crina-Maria OTYEPKA Michal KOČA Jaroslav

  Konferenční abstrakty

  Rok: 2015, druh: Konferenční abstrakty

• Can We Execute Stable Microsecond-Scale Atomistic Simulations of Protein-RNA Complexes?

  KREPL Miroslav HAVRILA Marek STADLBAUER Petr BANÁŠ Pavel OTYEPKA Michal PASULKA Josef ŠTEFL Richard ŠPONER Jiří

  Článek v odborném periodiku

  Journal of Chemical Theory and Computation, rok: 2015, ročník: 11, vydání: 3, DOI

• Hairpins participating in folding of human telomeric sequence quadruplexes studied by standard and T-REMD simulations

  STADLBAUER Petr KUHROVÁ Petra BANÁŠ Pavel KOČA Jaroslav BUSSI Giovanni TRANTÍREK Lukáš OTYEPKA Michal ŠPONER Jiří

  Článek v odborném periodiku

  Nucleic Acids Research, rok: 2015, ročník: 43, vydání: 20, DOI

• Chemical Feasibility of the General Acid/Base Mechanism of glmS Ribozyme Self-Cleavage

  DUBECKÝ Matúš WALTER Nils G. ŠPONER Jiří OTYEPKA Michal BANÁŠ Pavel

  Článek v odborném periodiku

  Biopolymers, rok: 2015, ročník: 103, vydání: 10, DOI

• Insights into Stability and Folding of GNRA and UNCG Tetra loops Revealed by Microsecond Molecular Dynamics and Well-Tempered Metadynamics

  HALDAR Susanta KUHROVÁ Petra BANÁŠ Pavel SPIWOK Vojtěch ŠPONER Jiří HOBZA Pavel OTYEPKA Michal

  Článek v odborném periodiku

  Journal of Chemical Theory and Computation, rok: 2015, ročník: 11, vydání: 8, DOI